麻煩各位幫我講解一下高通量測序的原理,分別講講solexa和solid這平臺的原理是怎樣的

2021-03-27 06:28:02 字數 4749 閱讀 6838

1樓:匿名使用者

你這問題太大了,

真不好說,

你去看看各個公司的protocol估計會明白。

有問題發信吧。

什麼是基因二代測序?

2樓:二凡的kiki妍

第二代測序為高通量測序,採用微珠或高密度晶片邊合成邊測序,代表有454,solexa,solid,高通量,可一次獲得數g資料,相對與第三代,都仍然需要擴增的方法放大訊號,擴增後再檢測。

第一代測序技術的主要特點是測序讀長可達1000bp,準確性高達99.999%,但其測序成本高,通量低等方面的缺點,嚴重影響了其真正大規模的應用。因而第一代測序技術並不是最理想的測序方法。

經過不斷的技術開發和改進,以roche公司的454技術、illumina公司的solexa,hiseq技術和abi公司的solid技術為標記的第二代測序技術誕生了。

第二代測序技術大大降低了測序成本的同時,還大幅提高了測序速度,並且保持了高準確性,以前完成一個人類基因組的測序需要3年時間,而使用二代測序技術則僅僅需要1周,但在序列讀長方面比起第一代測序技術則要短很多。

1)測序文庫的構建(library construction)

首先準備基因組(雖然測序公司要求樣品量要達到200ng,但是gnome analyzer系統所需的樣品量可低至100ng,能應用在很多樣品有限的實驗中),然後將dna隨機片段化成幾百鹼基或更短的小片段,並在兩頭加上特定的接頭(adaptor)。如果是轉錄組測序,則文庫的構建要相對麻煩些,rn**段化之後需反轉成cdna,然後加上接頭,或者先將rna反轉成cdna,然後再片段化並加上接頭。片段的大小(insert size)對於後面的資料分析有影響,可根據需要來選擇。

對於基因組測序來說,通常會選擇幾種不同的insert size,以便在組裝(assembly)的時候獲得更多的資訊。

2)錨定橋接(su***ce attachment and bridge amplification)

solexa測序的反應在叫做flow cell的玻璃管中進行,flow cell又被細分成8個lane,每個lane的內表面有無數的被固定的單連結頭。上述步驟得到的帶接頭的dna 片段變性成單鏈後與測序通道上的接頭引物結合形成橋狀結構,以供後續的預擴增使用。

3)預擴增(denaturation and ***plete amplification)

新增未標記的dntp 和普通taq 酶進行固相橋式pcr 擴增,單鏈橋型待測片段被擴增成為雙鏈橋型片段。通過變性,釋放出互補的單鏈,錨定到附近的固相表面。通過不斷迴圈,將會在flow cell 的固相表面上獲得上百萬條成簇分佈的雙鏈待測片段。

4)單鹼基延伸測序(single base extension and sequencing)

在測序的flow cell中加入四種熒游標記的dntp 、dna聚合酶以及接頭引物進行擴增,在每一個測序簇延伸互補鏈時,每加入一個被熒游標記的dntp就能釋放出相對應的熒光,測序儀通過捕獲熒光訊號,並通過計算機軟體將光訊號轉化為測序峰,從而獲得待測片段的序列資訊。從熒光訊號獲取待測片段的序列資訊的過程叫做base calling,illumina公司base calling所用的軟體是illumina』s genome analyzer sequencing control software and pipeline analysis software。讀長會受到多個引起訊號衰減的因素所影響,如熒游標記的不完全切割。

隨著讀長的增加,錯誤率也會隨之上升。

5)資料分析(data analyzing)

這一步嚴格來講不能算作測序操作流程的一部分,但是隻有通過這一步前面的工作才顯得有意義。測序得到的原始資料是長度只有幾十個鹼基的序列,要通過生物資訊學工具將這些短的序列組裝成長的contigs甚至是整個基因組的框架,或者把這些序列比對到已有的基因組或者相近物種基因組序列上,並進一步分析得到有生物學意義的結果。

3樓:讚的都帥

即第二代dna測序技術。

dna測序(dna sequencing)作為一種重要的實驗技術,在生物學研究中有著廣泛的應用。早在dna雙螺旋結構(watson and crick,1953)被發現後不久就有人報道過dna測序技術,但是當時的操作流程複雜,沒能形成規模。隨後在2023年sanger發明了具有里程碑意義的末端終止測序法,同年a.

m.maxam和w.gilbert發明了化學降解法。

sanger法因為既簡便又快速,並經過後續的不斷改良,成為了迄今為止dna測序的主流。

然而隨著科學的發展,傳統的sanger測序已經不能完全滿足研究的需要,對模式生物進行基因組重測序以及對一些非模式生物的基因組測序,都需要費用更低、通量更高、速度更快的測序技術,第二代測序技術(next-generation sequencing)應運而生。

這三個技術平臺各有優點,454 flx的測序片段比較長,高質量的讀長(read)能達到400bp;solexa測序價效比最高,不僅機器的售價比其他兩種低,而且執行成本也低,在資料量相同的情況下,成本只有454測序的1/10;solid測序的準確度高,原始鹼基資料的準確度大於99.94%,而在15x覆蓋率時的準確度可以達到99.999%,是目前第二代測序技術中準確度最高的。

基因測序是一種新型基因檢測技術,能夠從血液或唾液中分析測定基因全序列,**罹患多種疾病的可能性,個體的行為特徵及行為合理。基因測序技術能鎖定個人病變基因,提前預防和**。

基因測序相關產品和技術已由實驗室研究演變到臨床使用,可以說基因測序技術,是下一個改變世界的技術

4樓:匿名使用者

二代測序:將基因組dna打碎成約100-200個鹼基的小片段,在片段的兩個末端加上接頭 ( adapter )。將dn**段變成單鏈後通過接頭與晶片表面的引物鹼基互補而使一端被固定在晶片上。

另外一端隨機和附近的另外一個引物互補,也被固定住,形成橋狀結構。通過30輪擴增反應,每個單分子被擴增大約1000 倍,成為單克隆的dna簇,隨後將dna 簇線性化。在下一步合成反應中,加入改造過的dna聚合酶和帶有4種熒游標記的dntp。

在dna合成時,每一個核苷酸加到引物末端時都會釋放出焦磷酸鹽,激發生物發光蛋白髮出熒光。用鐳射掃描反應板表面,在讀取每條模板序列第一輪反應所聚合上去的核苷酸種類後,將這些熒光基團化學切割,恢復3』端黏性,隨後新增第二個核苷酸。如此重複直到每條模板序列都完全被聚合為雙鏈。

這樣,統計每輪收集到的熒光訊號結果, 就可以得知每個模板dn**段的序列。(中源-協-和-基-因)

5樓:dotaer嘯塵

全基因組重測序(whole genome sequencing))是利用高通量測序平臺對已知基因組序列物種的不同個體或群體的基因組進行重測序,並在此基礎上對個體或群體進行差異性分析。

針對染色體大規模結構變異引起的遺傳疾病,利用低覆蓋全基因組測序結合高效的計算分析手段即可解決 。同時,利用低覆蓋全基因組測序技術,還可以對大規模人群連鎖、關聯進行研究。極少數遺傳疾病由編碼蛋白質區域以外的小變異造成。

這類變異只能使用高覆蓋度全基因組測序檢測。euler使用改進的建庫技術進行全基因組測序,提高覆蓋度、均一性、轉化速率等重要指標。通過自主研發的資訊分析管線,全面分析可能的遺傳變異。

案例分析

臨床案例---地中海貧血症

收樣要求

●   樣本型別:外周血,血漿,ffpe。

●   抗凝劑:枸櫞酸鈉或edta,不能用肝素。

●   採用常規edta抗凝採血管採集的靜脈血≥6ml,可在4℃下暫時儲存及運轉,應當自離體後8小時內完成血漿分離。

●   採用專用血漿儲存管(如streck管)採集的靜脈血≥6ml,可在室溫下暫時儲存及運轉,應當自離體後72小時內完成血漿分離。

●   分離的血漿樣本≥2ml,直接儲存於-80°c 冰箱,在乾冰冷鏈狀態下暫時儲存及運轉。

高通量測序分的原理是什麼?

6樓:天涯海角七樓號

對dna分子進行

序列測定。

1.對幾十萬到幾百萬條dna分子進行序列測定和一般讀長較短等為標誌。

2.根據發展歷史、影響力、測序原理和技術不同等,主要有以下幾種:大規模平行簽名測序(massively parallel signature sequencing, mpss)、聚合酶克隆(polony sequencing)、454焦磷酸測序(454 pyrosequencing)、illumina (solexa) sequencing、abi solid sequencing、離子半導體測序(ion semiconductor sequencing)、dna 奈米球測序 (dna nanoball sequencing)等。

3.高通量測序技術是對傳統測序一次革命性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條dna分子進行序列測定,因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術(next generation sequencing)足見其劃時代的改變,同時高通量測序使得對一個物種的轉錄組和基因組進行細緻全貌的分析成為可能,所以又被稱為深度測序(deep sequencing)。

參考資料

基因組高通量測序的原理

7樓:暴走少女

測序方案建立在雙脫氧測序法(sanger等,1977)的基礎上。為了從每一克隆插入片段兩端成對地進行測序,每一個質粒模板dna板應配備兩個384孔迴圈測序反應板。

機械臂負責等分模板試樣,起與反應液混合的作用,反應液含有雙脫氧核苷酸、熒游標記的核苷酸、taqdna聚合酶、序列引物和緩衝液。

模板和反應板有條形碼,且在biomekfx移液操作工作站上有條形碼讀取器跟蹤,確保模板和反應液轉移中沒有錯誤。30~40線性擴增步驟連續迴圈在mjresearchtetrads或9700熱迴圈儀(ap—pliedbiosystems)中進行。

幫我詳細講解一下,幫我詳細講解一下

兩聲響,一聲是從空氣傳來的,一聲是鋼管傳來的。先鋼管,後空氣,你可以設鋼管長x米 t s v 這個可以不寫 x340m s x 5000m s 0.3sx約等於109 對錯不確定,有待考證,反正我是這麼寫的 聲音這鋁管中傳播,也在空氣中傳播,聽到的第一個聲音是鋁管中傳過來的,第二個是空氣中傳的 哪位...

麻煩大家幫我翻譯一下,麻煩幫我翻譯一下

01.為什麼?我不明白為什麼人們總有這樣的想法 一個人如果做錯了什麼,旁人就只會說這個人這樣那樣的,但是,我想說的是 誰沒有做錯過事?如果是伱做錯 了事,別人這樣說你,你心裡會好受嗎?為什麼人們就只會說人家的缺點呢呢?人無完人,誰沒有缺點?不是嗎?難道一個人做錯了事就真的永遠比不可以原諒了嗎?也許這...

麻煩幫我看一下這款手錶,謝謝,麻煩幫我看一下這款手錶,謝謝

這個手錶是仿的積家手錶,做工挺粗糙的,應該是低仿品,機芯也是用的仿機,國產機芯仿製的,質量問題聽多,你可以看看頂級復刻的。這塊表很大方,男的好用,女孩用也大氣,假的積家手錶。首先,它真面logo就有問題,分的太遠 沒有神韻。其次,積家這個級別的手錶,金色錶殼肯定會用k金而不是鍍金,但是表背寫的不鏽鋼...