什麼叫低覆蓋度基因組測序,高通量基因組測序中,什麼是測序深度和覆蓋

1樓:其明生物

不是覆蓋整個基因組的所有序列,而是覆蓋一部分,覆蓋率比較低,就叫低覆蓋度基因組測序

基因組測序中,什麼是測序深度和覆蓋度

2樓:小小大大

測序深度是指bai測序資料對基因組du覆蓋深zhi度,如人類基因組有dao3g,我們測了過濾回得到clean data 90g資料量,那麼答測序深度是90/3=30x,覆蓋度是,90g資料比對到人類參考基因組上,可以覆蓋基因組的比例,如覆蓋度80%

高通量基因組測序中,什麼是測序深度和覆蓋

3樓:匿名使用者

簡潔版:

深度即:測序得到的總鹼基數/基因組鹼基數。也可以理解為將基因組測了幾遍。

測序深度能減少假陽性和測序錯誤率。覆蓋度原來是指基因/轉錄組上測序測到的部分佔整個組的比例,但是現在很多人把coverage也直接當depth用了。

詳細版: depth嘛,就是被測基因組上單個鹼基被測序的平均次數,比如某樣本的測序深度為30x,那麼就是說該樣本的基因組上每一個單鹼基平均被測序(或者說讀取)了30次,注意,是平均。當然了,depth也有最大和最小值,這個都可以由資訊分析得到。

coverage就好理解了,由於大片段拼接的gap、測序讀長有限、重複序列等問題的存在,測序分析後組裝得到的基因組序列通常無法完全覆蓋所有區域,覆蓋度就是最終得到的結果佔整個基因組的比例。例如一個人的基因組測序,覆蓋度為98.5%,那麼說明該基因組還有1.

5%的區域通過我們的組裝和分析無法得到。

至於什麼演算法之類的,太深了,應該不用瞭解吧~~偶也寫不出來。。。:p

當然,轉錄組也同上,

4樓:豆穎環力學

可以簡單理解為深度是一條鏈上一個鹼基檢測到的次數,

覆蓋度是你檢測到的這個樣本的總鹼基數的百分比

高通量基因組測序中,什麼是測序深度和覆蓋度

5樓:匿名使用者

可以簡單理解為深度是一條鏈上一個鹼基檢測到的次數,

覆蓋度是你檢測到的這個樣本的總鹼基數的百分比

全基因組測序的意義是什麼?

6樓:太陽_愛向日葵

全基因組測序的意義是使人類從根本上認知疾病發生的原因,做到正確的**疾病、儘早的預防疾病。

定義:全基因組測序是對未知基因組序列的物種進行個體的基因組測序。

發展歷程:2023年, renato dulbecco是最早提出人類基因組定序的科學家之一。他認為如果能夠知道所有人類基因的序列,對於癌症的研究將會很有幫助。

美國能源部(doe)與美國國家衛生研究院(nih),分別在2023年與2023年加入人類基因組計劃。除了美國之外,日本在2023年就已經開始研究相關問題,但是並沒有美國那樣積極。到了2023年,詹姆士·華生(dna雙螺旋結構發現者之一)成為nih的基因組部門主管。

2023年開始國際合作。2023年,多個國家召開百慕達會議,以2023年完成定序為目標,分配了各國負責的工作,並且宣佈研究結果將會及時公佈,並完全免費。

簡介:每個人從受精卵開始就繼承了父母的dna遺傳資訊,並且攜帶一生,不易改變。全基因組測序就是通過運用新一代高通量dna測序儀,進行10-20倍覆蓋率的個人全基因組測序,然後與人類基因組精確圖譜比較,得到完整的個人全基因組序列,破譯個人全部的遺傳資訊的過程。

全基因組測序覆蓋面廣,能檢測個體基因組中的全部遺傳資訊;準確性高,其準確率可高達99.99%。

全基因組測序揭示了人類生、老、病、死的奧祕,使人類從根本上認知疾病發生的原因,做到正確的**疾病、儘早的預防疾病。

技術:提取基因組dna,然後隨機打斷,電泳**所需長度的dn**段(0.2~5kb),加上接頭,進行基因簇cluster製備或電子擴增e-pcr,最後利用paired-end(solexa)或者mate-pair(solid)的方法對插入片段進行測序。

然後對測得的序列組裝成contig,通過paired-end的距離可進一步組裝成scaffold,進而可組裝成染色體等。組裝效果與測序深度與覆蓋度、測序質量等有關。目前常用的組裝有:

soapdenovo、trimity、abyss等。