如何用blast 發現新基因

1樓：網友

blast對一條或多條序列(可以是任何形式的序列)在乙個或多個核酸或蛋白序列庫中進行比對。blast還能發現具有缺口的能比對上的序列。

blast是基於altschul等人在上發表的方法(:403-410(1990)),在序列資料庫中對查詢序列進行同源性比對工作。從最初的blast發展到現在ncbi提供的，已將有缺口的比對序列也考慮在內了。

blast可處理任何數量的序列，包括蛋白序列和核算序列；也可選擇多個資料庫但資料庫必須是同一型別的，即要麼都是蛋白資料庫要麼都是核酸資料庫。所查詢的序列和呼叫的資料庫則可以是任何形式的組合，既可以是慧物核酸序列到蛋白庫中作查詢，也可以是蛋白液早序列到蛋白庫中作查詢，反之亦然。

gcg及emboss等軟體包中包含有五種blast：

1、blastp是蛋白序列到蛋白庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列將逐一地同每條所查序列作一對一的序列比對。

2、blastx是核酸序列到蛋白庫中的一種查詢。先將核酸序列翻譯成蛋白序列（一條核前埋液酸序列會被翻譯成可能的六條蛋白），再對每一條作一對一的蛋白序列比對。

3、blastn是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列都將同所查序列作一對一地核酸序列比對。

4、tblastn是蛋白序列到核酸庫中的一種查詢。與blastx相反，它是將庫中的核酸序列翻譯成蛋白序列，再同所查序列作蛋白與蛋白的比對。

5、tblastx是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。此種查詢將庫中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白（每條核酸序列會產生6條可能的蛋白序列），這樣每次比對會產生36種比對陣列。由於這種比對？

母叢有裕�虼薚blastx在比對中對缺口不予以考慮。

所以總的來說，blast是用來比對的，如果與文庫中的基因都不同，可能是新的基因，然後還要做其他方面的研究。

2樓：網友

blast是乙個基首迅頃因庫者陸，可以用來比對，如果你手頭上有段序列的昌閉話，可以將自己的序列貼上到ncbi**上，進行比對，看看與那些物種的基因相近，至於是不是新物種，還要很多的實驗程式，不是僅靠blast就能搞定的。

3樓：劉馨雨

blast是乙個基因庫，可如讓梁以用來比對，如果你手頭上有段序列的話，可以將自己的序列貼上到ncbi網渣運站上，進行比對，看看與那些物種的基因相近，至於是不是新物種，還要很多滑宴的實驗程式。

已知人的lc3b蛋白，其功能已知，如何blast查詢新基因，即在ncbi上還沒有註釋的。

4樓：生物資訊研究者

順序弄反了吧。你只能將乙個新基因通過blast演算法檢視他跟哪些已知功能的基因比較相似，從而推斷其基因功能。如果ncbi上面沒有註釋你要查詢的所謂新基因的話，你通過blast也比對不上。

如果你的意思是找出其類似功能的人類或者特定物種中的其他基因倒是可以通過blast來做個優選。

5樓：網友

我知道lc3a跟它差不多。

我想問下，哪位大師知道，如果在某甘薯中發現乙個新基因。怎麼**這個未知基因的功能呢？

6樓：葉綠蛋白

方法1：到ncbi blast一下，看其他物種有沒有同源基因。

方法2：找基因上有哪些已知的轉錄調控序列、翻譯調控序列或者蛋白motif。

方法3：實驗，也許可以試試rnai？

7樓：匡雅霜

直接把基因序列放到ncbi上blast一下，看看同源性最高的那幾個基因有什麼功能。

我現在有兩段引物序列，如何通過blast來查到這對引物能擴增出的基因片段序列

8樓：網友

分別將正向引物直接放上去，反向的要反向互補下在放上去，分別blast出的全互補的基因看看。記下基因名和位置，有的這樣能查出來。

怎麼應用blast進行基因突變分析

9樓：化驗所

將測序結果匯入資料庫進行blast，如果是高度保守的位點不相同，有可能是發生了基因突變。

怎樣利用blast分析一段未知基因序列

10樓：綠客175聚精會

怎樣利用blast分析一遲前純段未知基因序列。