1樓:**ile我的愛人
目前最常用
的是二代,首先兩者原理不一樣,目前二代有邊合成邊測序的illumina還有life的半版導體晶片技術,三代主權要是pacbio的;三代讀長長可以達到kb級別但目前測序深度和資料量較低,二代讀長短一般是75到300單端測序或雙端測序最長到600,深度較深
dna 的 1代測序,2代測序,3代測序的區別是什麼啊?
2樓:垠元
第一代測序:指雙脫氧末端終止法,擴增後通過毛細管電泳讀取序列,每次獲取資料量少。
第二代測序:為高通量測序,採用微珠或高密度晶片邊合成邊測序,代表有454,solexa,solid,高通量,可一次獲得數g資料,相對與第三代,都仍然需要擴增的方法放大訊號,擴增後再檢測。
第三代測序:特點是單分子測序,多基於奈米科技,無需擴增,對單分鏈dna/rna直接用合成、降解、通過奈米孔等方式直接測序,核心特點是無需擴增所以成本更低。
3樓:匿名使用者
你說的1代2代指的是子代1代,2代嗎?原本的雙鏈dna就是親代,以親本為模板複製產生的子代dna就是子1代,子2代.....
第二代測序技術和第三代測序技術的區別是什麼
4樓:土豆檸檬絲
測序的時候是不是單分子 是第二代測序和第三代測序區分的關鍵點。
比如依二代測序illumina平臺為例,在測序之前為增強訊號,需要成簇反應,即將一條dna擴增成一簇,pacbio三代測序為對單分子直接進行測序。
什麼是基因二代測序?
5樓:二凡的kiki妍
第二代測序為高通量測序,採用微珠或高密度晶片邊合成邊測序,代表有454,solexa,solid,高通量,可一次獲得數g資料,相對與第三代,都仍然需要擴增的方法放大訊號,擴增後再檢測。
第一代測序技術的主要特點是測序讀長可達1000bp,準確性高達99.999%,但其測序成本高,通量低等方面的缺點,嚴重影響了其真正大規模的應用。因而第一代測序技術並不是最理想的測序方法。
經過不斷的技術開發和改進,以roche公司的454技術、illumina公司的solexa,hiseq技術和abi公司的solid技術為標記的第二代測序技術誕生了。
第二代測序技術大大降低了測序成本的同時,還大幅提高了測序速度,並且保持了高準確性,以前完成一個人類基因組的測序需要3年時間,而使用二代測序技術則僅僅需要1周,但在序列讀長方面比起第一代測序技術則要短很多。
1)測序文庫的構建(library construction)
首先準備基因組(雖然測序公司要求樣品量要達到200ng,但是gnome analyzer系統所需的樣品量可低至100ng,能應用在很多樣品有限的實驗中),然後將dna隨機片段化成幾百鹼基或更短的小片段,並在兩頭加上特定的接頭(adaptor)。如果是轉錄組測序,則文庫的構建要相對麻煩些,rn**段化之後需反轉成cdna,然後加上接頭,或者先將rna反轉成cdna,然後再片段化並加上接頭。片段的大小(insert size)對於後面的資料分析有影響,可根據需要來選擇。
對於基因組測序來說,通常會選擇幾種不同的insert size,以便在組裝(assembly)的時候獲得更多的資訊。
2)錨定橋接(su***ce attachment and bridge amplification)
solexa測序的反應在叫做flow cell的玻璃管中進行,flow cell又被細分成8個lane,每個lane的內表面有無數的被固定的單連結頭。上述步驟得到的帶接頭的dna 片段變性成單鏈後與測序通道上的接頭引物結合形成橋狀結構,以供後續的預擴增使用。
3)預擴增(denaturation and ***plete amplification)
新增未標記的dntp 和普通taq 酶進行固相橋式pcr 擴增,單鏈橋型待測片段被擴增成為雙鏈橋型片段。通過變性,釋放出互補的單鏈,錨定到附近的固相表面。通過不斷迴圈,將會在flow cell 的固相表面上獲得上百萬條成簇分佈的雙鏈待測片段。
4)單鹼基延伸測序(single base extension and sequencing)
在測序的flow cell中加入四種熒游標記的dntp 、dna聚合酶以及接頭引物進行擴增,在每一個測序簇延伸互補鏈時,每加入一個被熒游標記的dntp就能釋放出相對應的熒光,測序儀通過捕獲熒光訊號,並通過計算機軟體將光訊號轉化為測序峰,從而獲得待測片段的序列資訊。從熒光訊號獲取待測片段的序列資訊的過程叫做base calling,illumina公司base calling所用的軟體是illumina』s genome analyzer sequencing control software and pipeline analysis software。讀長會受到多個引起訊號衰減的因素所影響,如熒游標記的不完全切割。
隨著讀長的增加,錯誤率也會隨之上升。
5)資料分析(data analyzing)
這一步嚴格來講不能算作測序操作流程的一部分,但是隻有通過這一步前面的工作才顯得有意義。測序得到的原始資料是長度只有幾十個鹼基的序列,要通過生物資訊學工具將這些短的序列組裝成長的contigs甚至是整個基因組的框架,或者把這些序列比對到已有的基因組或者相近物種基因組序列上,並進一步分析得到有生物學意義的結果。
6樓:讚的都帥
即第二代dna測序技術。
dna測序(dna sequencing)作為一種重要的實驗技術,在生物學研究中有著廣泛的應用。早在dna雙螺旋結構(watson and crick,1953)被發現後不久就有人報道過dna測序技術,但是當時的操作流程複雜,沒能形成規模。隨後在2023年sanger發明了具有里程碑意義的末端終止測序法,同年a.
m.maxam和w.gilbert發明了化學降解法。
sanger法因為既簡便又快速,並經過後續的不斷改良,成為了迄今為止dna測序的主流。
然而隨著科學的發展,傳統的sanger測序已經不能完全滿足研究的需要,對模式生物進行基因組重測序以及對一些非模式生物的基因組測序,都需要費用更低、通量更高、速度更快的測序技術,第二代測序技術(next-generation sequencing)應運而生。
這三個技術平臺各有優點,454 flx的測序片段比較長,高質量的讀長(read)能達到400bp;solexa測序價效比最高,不僅機器的售價比其他兩種低,而且執行成本也低,在資料量相同的情況下,成本只有454測序的1/10;solid測序的準確度高,原始鹼基資料的準確度大於99.94%,而在15x覆蓋率時的準確度可以達到99.999%,是目前第二代測序技術中準確度最高的。
基因測序是一種新型基因檢測技術,能夠從血液或唾液中分析測定基因全序列,**罹患多種疾病的可能性,個體的行為特徵及行為合理。基因測序技術能鎖定個人病變基因,提前預防和**。
基因測序相關產品和技術已由實驗室研究演變到臨床使用,可以說基因測序技術,是下一個改變世界的技術
7樓:匿名使用者
二代測序:將基因組dna打碎成約100-200個鹼基的小片段,在片段的兩個末端加上接頭 ( adapter )。將dn**段變成單鏈後通過接頭與晶片表面的引物鹼基互補而使一端被固定在晶片上。
另外一端隨機和附近的另外一個引物互補,也被固定住,形成橋狀結構。通過30輪擴增反應,每個單分子被擴增大約1000 倍,成為單克隆的dna簇,隨後將dna 簇線性化。在下一步合成反應中,加入改造過的dna聚合酶和帶有4種熒游標記的dntp。
在dna合成時,每一個核苷酸加到引物末端時都會釋放出焦磷酸鹽,激發生物發光蛋白髮出熒光。用鐳射掃描反應板表面,在讀取每條模板序列第一輪反應所聚合上去的核苷酸種類後,將這些熒光基團化學切割,恢復3』端黏性,隨後新增第二個核苷酸。如此重複直到每條模板序列都完全被聚合為雙鏈。
這樣,統計每輪收集到的熒光訊號結果, 就可以得知每個模板dn**段的序列。(中源-協-和-基-因)
8樓:dotaer嘯塵
全基因組重測序(whole genome sequencing))是利用高通量測序平臺對已知基因組序列物種的不同個體或群體的基因組進行重測序,並在此基礎上對個體或群體進行差異性分析。
針對染色體大規模結構變異引起的遺傳疾病,利用低覆蓋全基因組測序結合高效的計算分析手段即可解決 。同時,利用低覆蓋全基因組測序技術,還可以對大規模人群連鎖、關聯進行研究。極少數遺傳疾病由編碼蛋白質區域以外的小變異造成。
這類變異只能使用高覆蓋度全基因組測序檢測。euler使用改進的建庫技術進行全基因組測序,提高覆蓋度、均一性、轉化速率等重要指標。通過自主研發的資訊分析管線,全面分析可能的遺傳變異。
案例分析
臨床案例---地中海貧血症
收樣要求
● 樣本型別:外周血,血漿,ffpe。
● 抗凝劑:枸櫞酸鈉或edta,不能用肝素。
● 採用常規edta抗凝採血管採集的靜脈血≥6ml,可在4°C下暫時儲存及運轉,應當自離體後8小時內完成血漿分離。
● 採用專用血漿儲存管(如streck管)採集的靜脈血≥6ml,可在室溫下暫時儲存及運轉,應當自離體後72小時內完成血漿分離。
● 分離的血漿樣本≥2ml,直接儲存於-80°c 冰箱,在乾冰冷鏈狀態下暫時儲存及運轉。
常見二代測序的3種測序方式的共同點有哪些
9樓:植物網
「普通的基因測序
」應該是指「常規dna測序」吧,是用sanger法(也就是雙脫氧法版)進行測序的方法,權目前非常普遍的是直接用abi 3730xl 進行的自動測序,基本上可以做到600bp-800bp的讀長。
高通量測序的概念其實是一個相對的概念,在2023年的時候,3700、megabace等儀器上的測序也是高通量測序,是相對手工測序或者跑平板膠來說的。
不過到2023年以後,高通量測序就改指第二代測序(next generation sequencing),454、solexa(後改為illumina)和solid等第二代測序,比3730等第一代測序的通量提高了成千上萬倍,甚至上億倍,所以稱為高通量測序。
ngs的特點主要有:
1、通量高。一個run能產生500mb-600gb的資料量。
2、讀長相對較短。454(約400-500bp),llumina(100-250bp),solid(75-100)。
3、單位資料的成本非常低。現在很多專案測序的費用。已經非常低。生物資訊分析成本變得更為重要了。
什麼是基因二代測序，第二代基因測序的意義
第二代測序為高通量測序，採用微珠或高密度晶片邊合成邊測序，代表有454，solexa，solid，高通量，可一次獲得數g資料，相對與第三代，都仍然需要擴增的方法放大訊號，擴增後再檢測。第一代測序技術的主要特點是測序讀長可達1000bp，準確性高達99.999 但其測序成本高，通量低等方面的缺點，嚴重...
二代測序中,對樣本建庫後上機測序,lane對應幾個庫
一般是一個lane跑一個庫比較好吧,也可以通過給不同的庫做好不同標記放在一個lane裡面測啊,不過那都是一些公司節省成本的方法啊,樣本如果資訊太複雜這樣做會出問題的 illumina測序技術術語 lane和run是什麼意思 illumina的測序儀是以flowcell進行測序的,一般的一張flowc...
電腦能不能同時裝二代和三代的記憶體
一個電腦一般是不能同時裝二代和三代的記憶體，原因如下 二代記憶體和三代記憶體的介面是不一樣的，所以一個電腦上是不能同時插上二代記憶體和三代記憶體的。二代記憶體和三代記憶體的呼叫模式也是不同的，ddr2為4bit預取，而ddr3為為8bit預取。兩者的電壓要求也是不一樣的，ddr2為1.8v，而ddr...